mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCTCG TATGCTCAGAACCTTTTTCTGGCTTCAGGCAATCATCTTGGCTAAA TGCTGTTTTCTAGCCAAGGATGACTTGCTCGTTAGCCCTTGAAAGATGTTTCAAATTTAGGCTGCATATGCTCAGAACCTTTTTCTGGCTTCAGGCAATCATCTTGGCTAAATGACAG 1 2 5' arm Populus_trichocarpa mirbase MIR169_5 2e-61 100 -39.4 ..(((((...((((((((.((((.(((((.((.((((.((((((....)))))).....))))))....((.(((((.....)))))))....)))))))))))))))))...))))) (-39.40)