mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGTGCCAATATCACG AGATATTGGTGCGGTTCAATC TTATATATAACGAGATATTGGTGCGGTTCAATCAGATAGTAATGCTCCATAAGCATAGAGCTCTATTGTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTATATGTTG 3 0 3' arm Populus_trichocarpa mirbase MIR171_1 5e-40 ptc-MIR171a 6e-24 -53.5 ..(((((((.((.((((((((..((((((((((((((((((..((((.((....)).))))..))))))))))))))))))..)))))))).))))))))).. (-53.50)