mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATTGAGCCGCGCCAATATC TGTTGGTGAGGTTCAATCCGA AAAAGAAAGCGATGTTGGTGAGGTTCAATCCGAAGACGGATTTACACGTGAAAGTAATTGTAAAATACGATCTCAGATTGAGCCGCGCCAATATCACTTTCTCA 2 0 3' arm Populus_trichocarpa mirbase MIR171_1 5e-31 tcc-MIR171c 2e-33 -42.9 ...((((((.((((((((((.(((((((((.((.((((..((((((.((.......))))))))...)).)))).))))))))).)))))))))).)))))).. (-42.90)