mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TGTTGGCAGAGCTCAATCAAA GTGGAAATTTGATGTTGGCAGAGCTCAATCAAATCAAAGCACTCAATGGTTGGGTTCTTTCATCTGATTGAGCCGTGCCAATATCGCATTAAAT 2 0 3' arm Populus_trichocarpa mirbase MIR171_1 1e-37 vvi-MIR171a 3e-16 -38.3 .....(((.(((((((((((..(((((((((.((.((((.(((((.....))))).)))).)).)))))))))..))))))))))).))).... (-38.30)