mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGAGCCGAATCAATATCACT TGATATTGGTCCGGCTCATC GGAGAAGTAGACACGGTGTGATATTGGTCCGGCTCATCTTCTGTGCATAAGCATCTGAAGTTCTTCACTCATGAAGACGAGCCGAATCAATATCACTCTTGTATGCTTCTTC 3 0 3' arm Populus_trichocarpa mirbase MIR171_2 7e-58 ptc-MIR479 5e-43 -52.5 (((((((((.(((.((.(((((((((((.((((((..((((.((((....))))..)))).((((((....)))))).)))))).))))))))))).))))).))))))))) (-52.50)