mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAT GGAGCATCATCAAGATTCACA TTGTTTGCGGGTGGAGCATCATCAAGATTCACATGCAAATGCACGGCCGGTGATGTTAAGAGTTAAATCTTTCTTTGTTTCTGTTCATCTGCCAAAGTTCTTTGGAAGTGAGAATCTTGATGATGCTGCATCGGCAATAA 2 0 3' arm Populus_trichocarpa mirbase mir-172 2e-74 ptc-MIR172f 2e-31 -55.9 ....((((.((((.((((((((((((((((.(((.((((.((..(((.(((((.....((((.((((......)))).))))..))))).)))...))..))))...))).)))))))))))))))).)))).))))... (-55.90)