mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGTATGAGGAGCCATGCATA TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA ATACCTATGTCTATATATTTATAATTATGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGCAGAGTCAATCGAAACATCGATGGCCTCCGTGGATGGCGTATGAGGAGCCATGCATATTCCATGTATAATATATACCCATAGA CTTTCTCTCACAAAAATAAATTTAAAAAAACCACAAAAAAATTGGCCTAGCTTCTATCTTCCTTCATCCCCTATGTTTAGCTTCTTGTCTTGCTTGTTTCATGCCAATTTCAAAGGGCATGTGTTCAAATAACTTGAACACCCCACAATTAATTTGATTATGAGCCTCATGAGCTCCTAATATTTGCCTCAGATCTCTGTTTATCTACTTAAATCTTTTCTAGCTCTGGATATTTATGATCATGAAGCACCACAAGGCATTTCTTGTCCATGCAAACATTCAGAATCCCATTAATTGATGCACATATTCGTAAACACATGCATATATGAGTTACAAAATCATGCATATTATACCTATGTCTATATATTTATAATTATGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGCAGAGTCAATCGAAACATCGATGGCCTCCGTGGATGGCGTATGAGGAGCCATGCATATTCCATGTATAATATATACCCATAGATATGGATTCTTGATTTTTTTTTGCAGGTTAATTTTTTTTTTCATTTCTTCCAACTTGACAAGGGCAGCATTGTAATTTTGTAAGATGCAGGGTTCACTCTTTGTGCCTAAAAGGTACAATCAATCTCTCATGTTCTTCTTTAATTCTTTCGAATTAGTCCTTTTATGGATTTTAGGGTTTCAGTGATGAGACATTTTGTGAAAGCATAATTAATATCCATGACACCTGTAACGAGGAATTGTATATTACACTGAATTTGACATCGCAAGAGTTTCATCAGCTAATTAAATGTTTCCCATTTTATTGATCCATCATCTTATTACACACT 2 0 3' arm Citrus_sinensis mirnest mir-160 7e-28 csi-MIR160 6e-74 -51.3 ....(((((..((((((((((((...((((((.(((((((.((((((((((((((.(((...(((((....)))))...))).)))))))))))))).))))))).))))))....)))).))))))))..))))). (-51.3)