mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG TCCCATAGATCATATGGAGGAAGTTCTCTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGTCACCAATTAGATCCATAATCCCTATATATACCATGCTTTTCAAAAAAAAGATTTATAATATGAAAAGGGGTTATGAATCATGTGTTAGTGTTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTGTTACTCCTCTAGCTAGGGGA 4 0 3' arm Solanum_lycopersicum mirbase mir-166 1e-64 ptc-MIR166c 0.0000000000002 -76.92 ((((.(((......(((((((.((.....((((((.((((((((..((((((..(((.(.(((.(((..(((.((((((((((.(((((......(((((.....))))).......)))))...)))))))))).)))....))).))).).)))..))))))..)))))))).))))))..))))))))).))).)))) (-76.92)