mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAT GTGGCATAATCAAGATTCACG ATGTGGCATAATCAAGATTCACGTGAAAAGTTGCAAATTGGTTATATAATTGATGAAATTAATGGCTGGCTATTTGAAACTCACGAGAATCTTGATGATGCTGCAT 4 0 3' arm Solanum_lycopersicum mirbase mir-172 0.0004 zma-MIR172d 0.00002 -39.8 (((..((((.((((((((((.(((((...(((.(((((..(((((.(((((.....))))))))))..)...)))).)))))))).)))))))))).))))..))) (-39.80)