mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCCAATTCCACCCATTCCTA GGGATTGGTGAGTTGGAAAGC CGAAAATCTATGGGGATTGGTGAGTTGGAAAGCTTTTCTTTTTCTTCTCTTGTGATTAGCTTTCCAATTCCACCCATTCCTATGGTTTTTCG 1 1 3' arm Solanum_lycopersicum mirbase 100 100 -42.86 ((((((.((((((((((.((((((((((((((((..((...............))..)))))))))))).)))).)))))))))).)))))) (-42.86)