mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAACGAGGTTTGTTACTTTGG AAAGTAACAAATCTCGTTTGA AAGCATTTTCAGCAAAATGAAATGCTATAGTTGGAAAGTTCTAAACATTTCGGATGATAGTTCCAAAGTAACAAATCTCGTTTGAATGTCTCTTGATCAACTTTTATATATATATATATATATATATATCCAAACGAGGTTTGTTACTTTGGAATATCTTTCGAAATCTGAAAAACTTTTCAACTATAGCATTATTTTTTGCGGAAAATTTGTTT 0 0 3' arm Solanum_lycopersicum mirbase 100 100 -91.5 ((((((((((.((((((...((((((((((((((((((((......((((((((.((((.((((((((((((((((((((((((...(((....))).......((((((((((....))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))).))))))))......))))))))))))))))))))...)))))).)))))..))))) (-91.50)