mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGATTGTTGTCTGGCTCGAGG CTGCTTTGAGGGGATTGTTGTCTGGCTCGAGGCCACCAACCATCTTTGATTGATTCAAATACTTTGATCAGCTTCAACCCATCTTCTCCTTCAATTCAATTCCACCCTCTGATTATGTGTTAGTGCCCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAATCACTGC 5 0 3' arm Vitis_vinifera mirbase mir-166 2e-80 vvi-MIR166e 0.000000008 -50.99 .....(((((((((.((..((((((..(((((.(((.((((...(((((.....))))).....(((((((.....................................))))))).).))).))).)))))..))))))..)).)))))))))....... (-50.99)