mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCCCTATGCCTCCCATTC GTGGGAGCGTGGGGTAAGAAG GTGGGAGCGTGGGGTAAGAAGTGAAGAAAACGTATAATTTTTCTTTTCTTTTTCAATTGAGAAAGAAAATTACAAATTCAATTTCTTCCCTATGCCTCCCATTCCTATGATTT GTGGGAGCGTGGGGTAAGAAGTGAAGAAAACGTATAATTTTTCTTTTCTTTTTCAATTGAGAAAGAAAATTACAAATTCAATTTCTTCCCTATGCCTCCCATTCCTATGATTTCCTGCAGTTCCTTCCTCTCTTTATCATCTCTTCGTCGACTTTAGGAACCGTGCTTGATTTCTTCAGTTCAATTTCTGGTAAGGTATCTCTTCTTTCTATTTATTTTGTGGGGGATGACGTCATCATTTTTCCTTCTATCGTTTTCATATCAAGCTTCTTCTTCTTTTTTTATTAATTAATCAATCTTGTTTGTTACAATTTGGCTATGGATCCCCTTCGTGGCTGGGTTTTAACATCAGTCATGGCGGGGAGATGTAAAAGACAGGGTTTCGATGAGATATCCCTTGATGGCGCGGTCGTTTAGAATGTTTTAAGCTAACGACATGACATTTTCATTTAAAATTATTGGCAAACCAACATGGACATCCTAATGTTTCAAAATTCCTTCCCCCCTTACTTCTGTGAATTTTCAGTGGAAAGATTCGGAAAAGGCTTTTTATAAAATTTAACAGTTTTAATTTTTTGGGTCAAAATTTATATTGTTAAAACAGCTTTGGAGGGCTTTTTGTAGCCGGGGTTGGGGTTTTTGTTAAATTCTAATTTGAAAAAAATCTTCCATAAATTTTTTGGGATTTTACCGAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGCCCGCCCTCAAAATAATAAAAATGATTAAATACTAGCCGGGGGTGTGGAAAACCTCAATGATCCTTCTTTAATTAGGGTAACACCTAAACTTAATTAATCTCTCGGGGGGCGGCGTGGTTTTTAGACAAACCCGCAGAGTTGGGGGGGAGAAAACACACAATTGGGGAACTTACAAACAATATAATTATAAGCGCGCTATGTGAATGAAAACTGACCACCCCCCTTTCTTTTCAACTGCGAATGGGAGGGGCGGTATAATATAGAACGAATAAAGAGAGGAGCACCTCCGCCGCACCACT 2 2 3' arm Citrus_sinensis mirnest 100 csi-MIR482a 5e-28 -34.3 ((((((((((((((.(((((((...(((...(((.........(((((((((((....))))))))))).)))...))).)))))))))))))).)))))))........... (-34.3)