mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATTCACAGGCCCTATCTTGTG TAAGATAATGCCATGAATTTG AATAGGTTAGTGCGCTTGGCGAATTCACAGGCCCTATCTTGTGGTATGAACTGGGTACGCGATGATTTGCACTGCGTATTGGGGGCTTACCATAAGATAATGCCATGAATTTGTCAAGCGTTCAAACCCAC GAGACTCAACTAGAGCAAATAACTCATATCCGTAGAGCAAATAACTCATATTCCTAGAGTTTATCATTGGTGTAAGCTTCAATAGGTTAGTGCGCTTGGCGAATTCACAGGCCCTATCTTGTGGTATGAACTGGGTACGCGATGATTTGCACTGCGTATTGGGGGCTTACCATAAGATAATGCCATGAATTTGTCAAGCGTTCAAACCCACTGAAATGTTGTGTGAAGGTAAATATTTCAAAGTGTTCATGAAGAAAAGGCAGGTAAATATTTCGTTACTTCCCCGTGACATGCTAAGCCAGAAACAATCTCGCTGCATGTGATATGCTCAGCCAGAAACAGAAACAAAAGAGAAAAAGAGAGTTTCTTCCCAGCTTTTTTCATGTGTT 3 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1428 6e-65 osa-MIR1428e 8e-58 -55.9 ....((((...((((((((((((((((..(((..((((((((((((....((.((((((((.((.....)).)))))))).))....))))))))))))..))).))))))))))))))))...))))... (-55.9)