mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGCAATGCTAGAAAGTCTT GACTTTCTAACATTGTCCACA ATTATTTTATACTACCTCCATTTCAGGTTATAAGACTTTCTAACATTGTCCACATTCATATAGATGTTAATGAATCTAGGTACATATATATGTCTAGATTTATTAACATATATATGAATGTGGGCAATGCTAGAAAGTCTTATAATATGAAATAGAGGAAGTAGCATGATC CTTTTTGAAACGCATGATTAATAGATTATTGCTGAACATGACCTTAACACAAGTTAGGCTGTAGGCGCCATTGGCATGCGTTGTTTACACATTATTTTATACTACCTCCATTTCAGGTTATAAGACTTTCTAACATTGTCCACATTCATATAGATGTTAATGAATCTAGGTACATATATATGTCTAGATTTATTAACATATATATGAATGTGGGCAATGCTAGAAAGTCTTATAATATGAAATAGAGGAAGTAGCATGATCCGTACAGCGATCAGCATATGCTCAATTCGTGACTGCTCAATCTGCAAAATTATGGCACAGTGTACCTTGTTGTGTTGCTTAACTAAACGCAATGAGTTTGAATCCTTAGAATCTTGCCTCCTTATTTGTTCAACTGCTGCTCAGAACCGAAACATAGAAGGCATCACAGGCAATAGGCATTCTTGATATGCGATGGAGAGACGGCGAGTCATCTGCTACTCATCTGTACATCAGAGCTGCAAACCAATAAATCACAAAACATTTTATCACATCATATGCCACGATCGCCGCCGTTGCCGGCTTGCCGCCCTCGTCTGTGTTCACCGTGACCGACGCTGCTGCCTTCGTCCGTGTCCGCGTCCGCCGTCGTCCTCAACCGCTGCCACCGCCCTCGTCCGTCACCGCCGCCGACCTCGTCCGCGTCCACCGCGCCCTCGACCACTGCCGCCTCCCTCTGCCAACCGCCGCCGTCCTCGTCCACGACCTCCGCCGCTGCCGCCCTCGTCCGCGTTCACCGGGACCGACGCAGCCGCCCTCGTCCGCGTCCGCCGTCGCCGTCCTCGTCCGCGTCCACGCTGCCGCCTCCCTCGTCCGCGTCCGCGTCCGCCGAGC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 5e-54 osa-MIR819j 4e-63 -80.5 .........((((.((((.((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((((((..((((....)))))))))))))))))))).))))))))))))))))))).)))))))))))))))).)))))).)))).))))........ (-80.5)