mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATGGATGGTTAGGAGAG TTCCTATACCACCCATTCCCTA GAAATGGGAGATGAATATTTCGAAAGCAATAGGAATGGATGGTTAGGAGAGAACTCCTCTTATATATTTCTTCATCTTCTCCGCCGGAGATGTGGAAGTGCAGTTGGTTCCTATACCACCCATTCCCTACGGTTTTCGAAATTTTCTCCCTTTTC 3 2 5' arm Vitis_vinifera mirbase 100 100 -64.3 ((((.((((((.....(((((((((((..(((((((((.((((((((((..((((.........(((((((.(((((((......))))))).))))))).))))..)))))).)))).))))).))))..)))))))))))..)))))).)))) (-64.30)