mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGATTGAAGGGAGCTCT GAGCTCCCTTCGATCCAATCC GGGCAAGCGAAAGATATAGACAAGAAGAAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGGAAGTGGTCGGATGCAGCTGCCGGTTCATGGATACCTGTCTGGTGCATGCAGTGTGGTAATAGCCTGCGCACCTGCATCGGTTTGCATGACCCGGGAGATGAACCTGCCAGCGTCTTTCCCTCGTGCTTGGATTGAAGGGAGCTCTCTCTCCCCCCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCT 1 1 3' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR159 9e-41 zma-MIR159c 5e-42 -107.44 (((..((.((.(((........(((.((.((((((((((((((((((..((.(((((((((((((.((...((.((.((((.(((((.(.((((((..(((((..((((.((.......))))))))))).)))..))).).))))).)))).)).))..)).))))....))))))))).)).)))))))))))))))))))))))......))).)).))..)))....... (-107.44)