mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCGTGCGAGGAGCCAAGCATG TGCGGAAGGAGGTGAAAAAAAAAATGGGATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCGCGTAGCTGCCAACAACTCAGTTTGAGCTCCCCCGGCCCAAACGCAAACGTTGGCTCTACCGCGGATGGCGTGCGAGGAGCCAAGCATGACCGTCTCTCCCCCTCCCTCCCTCTCTCCCT 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase mir-160 2e-16 tae-MIR160 7e-19 -79.85 ...(((..((((.((..........(((((((((.(((((((.(((((((((..(((((((..((((((......(((((.(((.....))).)))))......)))))).))).))))..))))))))).))))))).))))....)))))..........))))))..))).. (-79.85)