mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCGTGCAAGGAGCCAAGCATG TCGATCCGAATTAATCGATCATCGGCTGCGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTAGCCCGATCCGTGCCGAGGTTGGATGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATGCATACATACAAGCTCCATGATCGATCCATCCA 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase mir-160 1e-26 sbi-MIR160b 4e-29 -66.9 .............(((((((((.((((((((((.(((((((.((((((((((.((((((..((((((((...)).)))))).))).))).)))))))))).))))))).)))))).........))).).)))))))))....... (-66.90)