mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA GCGTGCAAGGAGCCAAGCATG TAAATTGATGATCTGATCAAGACTGTGCTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTAGCCCAGCCCATGAATGTGGTTTGCCTGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATGCATTACGCATTATGATCAATTAATCTCTGGTT 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase mir-160 4e-20 zma-MIR160g 6e-22 -59.7 ...((((((((((((((...(...((((.((((.(((((((.((((((((((.(((((((.(.((((((....)).)))).).)))).))).)))))))))).))))))).))))))))..)..)))).)))).))))))........ (-59.70)