mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA CATGTGTTCTTCTCCTCCATC AAGAGAGGAGAGCTCAGCGAGAAGGACCGCGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCATGCATGCAACTAGAGCTTAGCTAGTGTCAATTCTTCCATCTCTTGTGCCTGGCCGGGATCGATCTTATATACCGAGCTTAATTTGGCACCTATTGGATGCTGCATGCATGTGTTCTTCTCCTCCATCACGGTCTTCATTTCTCTCGCTTTCTTTAC 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR164 0.000000000003 bdi-MIR164d 6e-103 -86.26 ....(((((((((..((.(((((((((((.(.(((((.((.((((((((((((((((.((.(((((.......))))).........((((......(((((.((((((...............))).)))......)))))....)))).)))))))))))))))))).)).))))).).)))))))..)))).)).))))))))).. (-86.26)