mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCGGACCAGGCTTCATTCCC GAATGTTGTCTGGCTCGAGGT GGGATAGCAAAGGGGGAGCTTTTTTACTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGTGCTGAGATCGAGAGAACTTGAAATTCGATCTCTAGATTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAGTAAAGCTCCCGTGTGGCCTGCGATTCT 4 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirbase mir-166 0.0000000006 osa-MIR166d 5e-16 -74.2 (((...(((....((((((((...(((((.((((((((((..((((((..((((((.(((((((((((...........))))))))).))....))))))..))))))..))))))))))))))))))))))).)))..)))........ (-74.20)