mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCGGACCAGGCTTCATTCC AATGGAGGCTGATCCAAGATC AGGGGAAGAGAGGGAAGCATGGTGTCTGGAATGGAGGCTGATCCAAGATCCTTGGTCCGAAATATTGTGTTTCTGTGTTTGTTGCCAAGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTCACACCGAGCTTCCGCTGCGAGATTGTGTTTC 3 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirbase mir-166 0.0000000006 osa-MIR166g 0.0000000000005 -66.9 ..........((((((((.((((((..(((((((((.(((.(((.(((((((((((...((((((.(.....).))))))...))))))))))).))).))).)))))))))..)))))).)))))).))............... (-66.90)