mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGACTTTCTAACATTGTCC GCAATGCTAGAAAGTCTTACA CCATAGTATTTACTTCCTCCGTTTAACAGTGTAAGACTTTCTAACATTGTCCACATTCATATAGATTTTAATGAATCTAAACATATATGTGTGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGCAATGCTAGAAAGTCTTACATCGTGAAACGGAGGGAG CCCGGGCTGCAGGAATTCGGCACGAGGCACTAATGAATAGACAGCTAACCTGGCGAAGAAGTTGCCTCCTACTGATTCTCGTCTGAGGCCTGATCAAAGGCATCTTGAAAATGGTGAATATGAGATGGCTAATGCAGAGAAACTTAGGCTTGAACAACTGCAGCGACAGGTATTCCAACCTTCGGTTTGATTCATTTGTGTTTATATGTTTTTTGCTTCTGTTTGCCATGGCATATTTTCTTGGACATATGAAAGGTGAAAGGCATTAATTATGAAGTAAAGTTTTCATCCATTATGTACTGATGAGCATGCCTCCATAGTATTTACTTCCTCCGTTTAACAGTGTAAGACTTTCTAACATTGTCCACATTCATATAGATTTTAATGAATCTAAACATATATGTGTGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGCAATGCTAGAAAGTCTTACATCGTGAAACGGAGGGAG 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-50 osa-MIR819k 3e-45 -85.2 ............((((((((((((.((.(((((((((((((((.((((((((((((((((((.(((.((((((((((((.(((((....))))).)))))))))))).))).)))))))))))))))))).))))))))))))))).)).)))))))))))) (-85.2)