mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGCTTGGTGCAGATCGGGAC CCCGCCTTGCACCAAGTGAAT TGCTCCTCCCCTGCCGCCGCCGCCTCGGGCTCGCTTGGTGCAGATCGGGACCCTCCGCCCGCCCCCGCCGGGCCGGATCCCGCCTTGCACCAAGTGAATCGGAGCCGGCGCAGCGACTTTTTTTTACTTAATTCCT 3 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR168 1e-32 hvu-MIR168 3e-45 -64.3 ..............((((((((.(((.(..(((((((((((((..(((((...(((((((((....).)))).)))))))))..)))))))))))))..).))).)))))..)))..................... (-64.30)