mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAGCCAAGAATGGCTTGCCTA GTCAAGCCATCTTGGCTAGAA TGGAGACGAGGAGCCCCTTTGCAGGCTCTACCAGCCAAGAATGGCTTGCCTATGCCCACGTTCTGTTTCATCACCACTGGGCTTAATCTTGGAGCCCTGGTGATGGATGAGATGTGATTGTATGGTCAAGCCATCTTGGCTAGAAGAGAGATCCTCGTCCCCCATGCTAGGCTGC 2 1 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase 100 bdi-MIR169j 0.0000006 -83.5 .((.((((((((...(((....)))((((.(.((((((((.(((((((.((((((.(((((.((..((((((((((..((((((.......))))))))))))))))..)))))))...)))))).))))))))))))))).).))))...)))))))).))............. (-83.50)