mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGATTTGCCTGT GGGCAAGTCAGCCTGGCTACC TCTTTGCATGGAAGTAGGAGGCCATCTTTGATAGCCAAGGATGATTTGCCTGTAAAACCGATTGTCGTCGCCTCTCGGTGCCGTTCCAGGCACTCGAAGGGAGGGCGGCAGCAACAGGTTCTATGGGCAAGTCAGCCTGGCTACCCGAGTACCTCTTACCCATATTCCATGCCA 1 1 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR169_5 2e-16 tae-MIR1433 0.000000000009 -89.4 .....((((((((((((((((....(((.(.((((((.((.(((((((((((((.((((..((((.((((((((((((((((......))))))....)))).)))))).))))..)))).))))))))))))).)))))))).).)))..)))))))).....)))))))).. (-89.40)