mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGGGAGCTTTCTTCTGTCC ACTGAAGGGAGCTCCCTCACC TTATAGCAGAAGGAGGAGGAGGTATTCATTTGAGGGAGCTTTCTTCTGTCCACCCATGGGAGGTAGCGGGGATTGAACGAGCTGCCGACTCATTCACTCGAACACACAGTGGATAACTGGATATGCAGACTAATCCAAGGCATAATATCTACTAGTGTGGAATAATATCTACTGTGTGAATGAGCGAATGAAGCGGGAGATTGTTCTCTCTTTCCTCCTCCATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTCACCTCTCATCACTTTCTCCCTCTTCTCCTTGAT 3 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR159 0.00002 tae-MIR319 6e-48 -132.59 ....((.(((((..(((((((((.......((((((((((..((((.(((((..(((((.(((.((..((((..((((((.((.(((..((((((.((((..(((((((((((((..(((((..........)))))..........(((((....)))))....)))))))))))))..)))).))))))..))).)).))))))..))))..))))))))))..))))).))))..)))))))))).........)))))))))..))))).)).... (-132.59)