mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGTGCTCCCT AGAGCTCTCTTCAGTCCACTC ATGTATAAGAGAGCTCTCTTCAGTCCACTCTCAGATGACTGTAGGGTTTTATTAGCTGCCGATTCATCCATTCACCTACCAAGAATCATGAGGGCGTATATGTCTTGGTAGCCGACTGGATGGCACGGGAGCTACAAAAAGCTTTTCGTTGTTTGTGGTTGGACTGAAGGGTGCTCCCTTGCTTACAATA 3 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR159 2e-44 osa-MIR319a 1e-45 -84.9 .((((((((.((((.((((((((((((..(.((((..((...((((((((..(((((.(((..(((((((.((..(((((((((..((((........)))))))))))))..)).)))))))..))).)))))...))))))))..))..)))).)..)))))))))))).)))).))))..))))... (-84.90)