mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCTCAGGAGGGATAGCGCC CGCTATCTATCCTGAGCTCCA CCAATCGAGATCGGTAAGGAACAATCCTTGAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCTAGGTTCACTGCAACCAACAAGAGAACCGGCCATCGATATATACATATATATGTCCTCGATCGACCGATCGATCTCTTGCTGGTTCCGTCGATCTGTTCGTCCGAAGCGCTATCTATCCTGAGCTCCACGGTTCGTTCGTTCTTACCATGCCCACACA 3 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR390 0.00000000001 bdi-MIR390b 6e-103 -80.7 ............((((((((((...((.((.(((((((((.(((((((((.((((((.((.(.(((((.(((((((..........((((((((....)))))))).((((((....))))))))))))).)))))).)).)))))).((....)).))))))))).))))))))).)).))...))))...))))))........... (-80.70)