mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGCATTCTGTCCACCTCC AGGTGGGCATACTGCCAATG GCAGTAGTAATAGTCATGTGGGTTTGCCAAAGGGGCGCTTACCGAGAGCTCTTTGGCATTCTGTCCACCTCCTTGCGAGTCTCGCGGGAGATCTCATGATCTGTTGTTGAGCTTGCAGATAGCTTGGAGGTGGGCATACTGCCAATGGAGCTGTGTAGGCTTCCCTTTGTAAAACCCATATGGCGAAGATCAAACCAGCT 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR394 0.0000000000008 zma-MIR394a 0.00000000000004 -101.81 ............(((((((((((((..((((((((.((((((..(.((((((((((((.(.((((((((((((((((((.(((((((.(((((....))))).))).))))))))))).......))))))))))).).)))))).)))))).))))))).))))))))..)))))))))))))................ (-101.81)