mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAGTGTTTGGGGGAACTC GTTCTCCTCAAATCACTTCAGT GTTGGTTGTCACCTGGAGTTCTCCTCAAATCACTTCAGTAGCTAGCTAGCTTGTGCCTCCTTGTTGCATTGCCACTGTTTTATAAGTGTGCTTGGGGCCAGAGAGCTGTGCACAGTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTGGGTGGCAACCAGC 0 2 3' arm Brachypodium_distachyon mirbase mir-395 0.000000000009 bdi-MIR395a 5e-44 -78.7 (((((((((((((..(((((((((.((((.(((((((.(.(((((((..((.(.(((.((.....(((....((((........)))))))..))))))))..))))).))..).))))))))))))))))))))..))))))))))))) (-78.70)