mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCACAGGCTTTCTTGAACTG GTTCAAGAAAGTCCTTGGAAA GCGCGGCTCAATTACAGGTTGCGGCCATGCTCTCCACAGGCTTTCTTGAACTGTGAACTCGTGCGCCTAGCCTGCTAGCTGCTCAATTCGATCTGTCATCCTCGGTTCGATTCGATCTGAATTGCTTGTATATGATATGATGTGCCTTGTTGATGGTTCAAGAAAGTCCTTGGAAAACATGGCCGCCGCCTCTTTCCCCTGCTGGCTTA 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR396 0.000000000000004 far-MIR396 5e-17 -82.23 ((.((((........((((.(((((((((...((((..((((((((((((((((.(((....(((.((((....)))).))).((((((((((.(((..(....)...)))..)))).))))))...((((((......))))))...))).))))))))))))))))..))))...))))))))).)))).........))))))... (-82.23)