mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCACAGGCTTTCTTGAACTG GTTCAAGAAAGCCCATGGAAA GGAGTAGTAAAAGAGATGCGCGGGCATGCTTTCCACAGGCTTTCTTGAACTGTGAACTCGTGGGGGTGTTCTCCTCTGAATTGTGTCGTGGAATTGCGGGCTTGTTCTTTATCCGTCGATCTCTCCGCCTGTTGATGGTTCAAGAAAGCCCATGGAAACCATGCCGCCATCTTGGTCTCGCGTCCCCGT 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR396 2e-19 bdi-MIR396f 4e-88 -78.2 (((((((.....((((((.((((.((((.((((((..((((((((((((((((.(((..(((((((.((((......))))...((((((((.....(((....)))....)))).)))).)))))))..))).))))))))))))))))..)))))).))))))))))))))...)).)).))).... (-78.20)