mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCACAGGCTTTCTTGAACTG GTTCAAGAAAGCCCATGGAAA GAGATGCGCGGGCATGCTTTCCACAGGCTTTCTTGAACTGTGAACTCGTGGGGGTGTTCTCCTCTGAATTGTGTCGTGGAATTGCGGGCTTGTTCTTTATCCGTCGATCTCTCCGCCTGTTGATGGTTCAAGAAAGCCCATGGAAACCATGCCGCCATCTT 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR396 2e-19 bdi-MIR396b 4e-88 -73.3 ((((((.((((.((((.((((((..((((((((((((((((.(((..(((((((.((((......))))...((((((((.....(((....)))....)))).)))).)))))))..))).))))))))))))))))..)))))).)))))))))))))) (-73.30)