mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCGCCCCTG GGGTCGAATTGGGAACACATG AAGAACAGACAGCACATGCGAGGAAGTTCCTGCAGGGTCGAATTGGGAACACATGAGATGGATGGTCCGCTGAGCTCTGAGCTCGAGCTCGGCCATGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGTTGGGTCTTCCGTGCCATGGATTGATGATTGCCT 2 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR398 0.0001 bdi-MIR398c 3e-70 -69.8 .....((..(((..((((((.(((((..((.((((((.(((.(((((((((((((....((.....))(((((((((.......)))))))))))))))))))))).))).)))))).))..))))).)).))))..))).))....... (-69.80)