mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAGTGTTTGGGGGAACTC GTTCCTCCGATCACTTCATT GATGTCTCCGGGAGTTCCTCCGATCACTTCATTGGGGCTATATGATCATTTAGACAAAATTTGTCACCCCACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTGGGTGCCAC TCGGTCAACCCACGCGTCCGGAAAAAAATCACTCAGATGTCTCCGGGAGTTCCTCCGATCACTTCATTGGGGCTATATGATCATTTAGACAAAATTTGTCACCCCACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTGGGTGCCACCTGACATTACATTGTTCAATTGGGTTTTACTATTTCTTTGTTTGGGTTTTGAGAGTGATTTTAGTAAGCTTTAATTTGCTCGGTGGCCAATGCCAATAATGAGAACAGACGGCTAGTATCATCTCTGCAGCTCCCATCCAGTGTGTGTGAACAGCCTTTTCATTGATCATCTTCATCAAAACTCCACTTCTCTTTTTCTCTGACTTGGAGGTCTCCACGTTGATTGCTTTACACTATTGTTTCGGTTCATCAACATTCATCCCCAAATCAAGCATAGCCCAAGAAAGAATTGCCTTCTCAGTTGGGCTACCAGTAAACTAAGTAGTCGATTCAGAATTCGATTTGTAAACATTACAAATGGTGTTTAAACCAAATGCTTCTTGCAGCAACTCGTACAGATTATGTGCTAATTTGAGGAACTAGCATCGCCCTTCATAGCTTATTTTCCAATCCAAAACTCTGTAACTTTCATTTGATTTCCGGTGAGAGTGCCTGTTTTGTTAGTGCAAATGGTTGTTGCGGAGCACAAAGTCTCACAAGCAGAGAGCTTTCTTATGATAGCATATGATCATTCATCATTTTTTCTTTTTTTTTATCGAACAAGCCAGCGTAAGAGTAACAGCAAGAGGGCAGGCTTCAGGAATTGCCACACAAGAGTAACAGCAAGAAGCGAGGCTTTCAGAATTGCCACGACACATGGGTACAGCAGCACCAATATGTAGATCCATCATCGACTTCGGGTTTGTCCCAGAAATC 1 0 3' arm Citrus_sinensis mirnest mir-395 0.00000002 csi-MIR395 1e-52 -42.4 ...((.(((((.(((((((((((.(((((((.(((((.((.((....)).))(((((...))))).))))).))))))).)))))))))))))))).))... (-42.4)