mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGGAGTGTCACTGAGAACACA TGTTCTCAGGTCACCCCTTTG GGATGGGATGCAATTGAGGGAAGCTGAACCCACAGGAGTGTCACTGAGAACACAGGTGCAGATGCCAATGCATGGTGAGTTTTCATTTTTGCATCGCAATTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGGTTGCTTCCCTTGATTCCATGGCCAGGTTATGTGTCATG 3 1 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR398 0.0000006 osa-MIR398a 0.00000003 -74.2 ...........(((..((((((((..((((((.(((.(((.(.((((((((((((.(((.(((((.((...((((.......)))).)).)))))))).))))))))))))).))).))).))))))))))))))..))).((((((((.....)).)))))) (-74.20)