mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAATTGCCCTG GTGCGGTTCTCCTCTGGCACG CGTGTTATTGAGATGAGGGTGAGAATTACAGTGCGGTTCTCCTCTGGCACGGAGGTCGAGGGTAGCCGGCGGCAATCCGGCCAGCGGCGAGGCTGCCAGTCCGTCCCCTTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCATAACCCTCCTGGGTTTATACATA 2 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirbase mir-399 0.00000004 zma-MIR399a 0.000000000002 -76.4 .((((.(((.((..((((((..((((..(((.(((((((((((.(((((.((.((.((..(((((((.((.((..........)).))..)))))))....)).)))).))))).))))))))))).)))..))))...)))))))).)))..))))... (-76.40)