mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCGACAAGTAATTCCGACCGGA CGACCGGTATTACTTGTCTCAAAT AGGAGCATAATTAGTACTTCCTCCGACCGGTATTACTTGTCTCAAATTTGCCCAAATACGGATGTATCTATGTGTAAAACGTGTCTAGATACATGTAATATTTCGACAAGTAATTCCGACCGGAGGGAGTGCCATAAT 7 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR1122 1e-47 bdi-MIR1122 1e-19 -49.5 .............((((((((((((..(((.((((((((((....((((....))))..(.(((((((((.(..(.....)..).))))))))).)........)))))))))).)))..))))))))))))...... (-49.50)