mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGACTTTCTAGCATTACCC GCAATGCTAGAAAATCTTATA TGAGATACTACCTCCCTTTCATGTTATAAGACTTTCTAGCATTACCCACATTCATATAAATGCTGTCTAGATTCATTTACATATATATGAATGTGGGCAATGCTAGAAAATCTTATAATATGAAACGGAGGAAGTAACAT TTCCTGAAGTAGGAAATCTCCATGTTGTCATTTTCTTGTTAGCCACTAGTCTTTCAACAATCAAAATGATTCCCACTTATAATAGCTTGTACAATCCATCCGCATCTTCCTTTTTTCAGAGTTTTTTTCAGAAGTGGAAATGTAGTCCTTTGCTGGGTTGCTAATAGTTAATATAAGGTTGTAGTGTGAGGTGTAGAACATTTTTTTGCCCTGGCCCGTGAGAGAGTTTGATACCTCCTCTAGATATTCTCAATGCTGTATTAAATACACTTGGTTTTGAGATAGATAATATGAGATACTACCTCCCTTTCATGTTATAAGACTTTCTAGCATTACCCACATTCATATAAATGCTGTCTAGATTCATTTACATATATATGAATGTGGGCAATGCTAGAAAATCTTATAATATGAAACGGAGGAAGTAACATTTATGTGGATT 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 3e-45 osa-MIR819a 2e-30 -64.2 .....((((.(((((.(((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((((.(((.................))).)))))))))))))).))))))))))).))))))))))))))).))))).)))).... (-64.2)