mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAACCTTGGGGAAAAGCCGCCT GCGGATTTTTCACTAAGGTTCATG CGTAGCATGGTGAACCTTGGGGAAAAGCCGCCTAACATGATTAAATTGTATTTTGTTCTACTATTCCAAAATTGTTGTGGTACAATATAAGGTGCAGAGTAAAGTTTAACATGTTAGGCGGATTTTTCACTAAGGTTCATGTGGTTATC 1 1 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase 100 bdi-MIR5062b 5e-81 -61.9 .(((((...(((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((.((((((((.(((((((..((....))..))))).........)).)))))))).))))))))))))))))))).)))))).)))))))))))...))))). (-61.90)