mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCCACCAGGGTTCGATCCA GATCGGACCCTGGTGTGCAGC TTTCCTGATCGAGAACCGAGCTTAGCTTGGGTGGTTAGCCCAGCGAGGTATGTTGGCTGCCCACCAGGGTTCGATCCAACAAGGTCGCATTCTATATAAATAATTTTCGTAAGGTGAGGCACCAAAATGCAATCCAATCACGCCTCTCCTACAAATATATATCTATAATTTTGTAAGGTGAGGCACCAGAATGCGACCCAATCACGCCTCTACTACAATATGTATATAATTTTCGTAAGGTGAGGCGCCAGAATGTGACCTTGTGGGATCGGACCCTGGTGTGCAGCCAGCATACCTCGCTGGGCTAACCTAACACCCAAGCTGAGCTCAGTTCTCTTCT 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase 100 100 -196.8 ..........((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((.............(((((.((....(((......)))...))......(((((.((((((((((((....))))..))))).))).))))).......)))))........((((((.(((....((((...........)))).)))))))))..))))))))))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))....))))))))))))))).)))))).... (-196.80)