mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGTGTCTCAGTTTTGAACT TTCAAAACTGCGACACTTATT GGCATACTTAATAGTTACTGCCTCCGATCCAAAATAAGTGTCTCAGTTTTGAACTAAGCCTAGTTCAAGCCTATTTCAAAACTGCGACACTTATTTTGGATCGGAGGTAGTATTAAAGTTCTTGAAGTTTGTACT 2 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR1122 1e-53 bdi-MIR5180a 4e-38 -66.3 .(((.((((...((.(((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((.((.........)).)).)))))))))).)))))))))))))))))))))))))))........))..)))).)))... (-66.30)