mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTTGGACAAATTTGAGTCA TCGAAATATTTTATGTATCTATACGTTTTTTAAGAATAGCTACGTCCATATTTG CCTGCCAGGATATGGTTTGATAAATGCATCCTCCGATTCTAAATTGTTGTCGAAATATTTTATGTATCTATACGTTTTTTAAGAATAGCTACGTCCATATTTGGACAAATTTGAGTCAAGAGTTTAGAATCAGAGATAGTAGCAAATATATC 7 37 3' arm Brachypodium_distachyon mirbase MIR1122 2e-25 bdi-MIR1122 0.0000005 -36.4 ........((((((.((((.....((((((.((.(((((((((((.((((((((.........(((.((((.(.........).)))).)))(((((....)))))...)))))..))).))))))))))).))))).))).)))))))))) (-36.40)