mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTAGTTCATTTTTCAAATC TTTGAGAATTGAACTAGAAGC TTAGGGTTGTGTACTCACGCGAAAGTCCCGCTTCTAGTTCATTTTTCAAATCTTCTATTCAAAATTTTGCTCATAATTTGAATAAGAGGTTTGAGAATTGAACTAGAAGCGGGACTTTTGCGGGATCCCGTTTGCACCCTTACTCACCAGCCC 1 0 5' arm Brachypodium_distachyon mirbase 100 bdi-MIR5185a 3e-51 -74.52 ...((((((.((..((.((((((((((((((((((((((((.(((((((((((..((((((((.............))))))))..))))))))))).)))))))))))))))))))))))).))....(....)..........)))))))) (-74.52)