mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGCAATGCTAGAAAGTTTT GACTTTCTACCAGACTCACA TTCTTGCTTCGTTCGTTTCATATTATAAGACTTTCTACCAGACTCACATTCATATATATGGTAATGAATCTAAATATATATGTGTGCCTAGATCCATTAATAACTATATGAATGTGGGCAATGCTAGAAAGTTTTATAATATGAAACGGAGGTAATAATA GCTTGATGATACGATGATGTGATGATTATTGTACCTGCACGGAATGCACCTCTCTCAGTGAAATTTTCCCGGGAAGGTTCGGCTGTTTCTTTATGTCCTTGTGGGAATCTTAGGATGATCTTGTACAAAAAAGAAAACAACTCTAGTCATAGGGGGTGGAGTACATGTGTCCCAACTAAGTTTGAGTTGTCTTGAATTAGTTGAAGTAAAATACTTTAGCTAAAATGACGTAGTAGTGCGTGTGCTTGCTTTTGTTTTAAGATAGAGAATTATAGTATTATTTTGTATACTATATTTTCCTCCTTTCTTGCTTCGTTCGTTTCATATTATAAGACTTTCTACCAGACTCACATTCATATATATGGTAATGAATCTAAATATATATGTGTGCCTAGATCCATTAATAACTATATGAATGTGGGCAATGCTAGAAAGTTTTATAATATGAAACGGAGGTAATAATATGAAATGGAGGCAGTATCTTATATTTTCTTTATCCTAAATAAATAAATCTAAATTTCTGGAT 3 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 3e-33 osa-MIR819e 5e-41 -57.8 ...(((((((...((((((((((((((((((((((((.((..((((((((((((((..((.(((((.(((((.((((....))))...))))).))))).))..))))))))))))))...)).)))))))))))))))))))))))))))))))..... (-57.8)