mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGGGCAATGCTAGAAAGT TTTCTACCACACTCACATTC ACTATATTTTCCTCCTTTCGTGCTTCCTTCCCTTTCATATTATAACACTTTCTACCACACTCACATTCATATATATGGTAATGAATCTAAATATATATGTGTCCCTAGATCCATTAATAACTATATGAATGTGGGCAATGCTAGAAAGTTTTATAATATGAAACGGAGGTAATAATATGAAATGGAGCCAGTAT AAATTCCCGTTTTCCCTTAGGGTGGATAACACGATGATGGTGATGATTATTATACGTGCCCGAATCCACCGTTCTCAGTGAAATTTTCCCGGGAAGGTTCTGCTGTTTCTTTAAGTCCGTCTGGAATGTTAGCACATGTTGTACACAAAACAAAACAACTCTAGTGATAGGGGGTGGAGTACATGTGGGCCAACTAAGTTTGAGGTCTCCTGAAGTATTGAAGTAAAATACCTTTACCTAAAATCACCTAGTAGTGCGGGTGCTTGCTTTTGTTTTAAGATAGAGAATTATAGTATTATTTTGTATACTATATTTTCCTCCTTTCGTGCTTCCTTCCCTTTCATATTATAACACTTTCTACCACACTCACATTCATATATATGGTAATGAATCTAAATATATATGTGTCCCTAGATCCATTAATAACTATATGAATGTGGGCAATGCTAGAAAGTTTTATAATATGAAACGGAGGTAATAATATGAAATGGAGCCAGTATCTTAT 3 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-27 osa-MIR819e 6e-35 -59.6 ...........(((((((((((.((.(((((.(((((((((((((.((((((((.((..((((((((((((((..((.(((((.(((((.((((....))))...))))).))))).))..))))))))))))))...)).)))))))).))))))))))))).))))).))...))))))).))))....... (-59.6)