mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTGCCTCAAGCTTGCTGC ACAAGTAGGACACCAACA AGGCACAAGTAGGACACCAACATTACCTGCAAGCAAGACGCAAAATTAATAGAACATCACCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTCGTGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCT 1 5 3' arm Hordeum_vulgare mirbase MIR444 5e-59 tae-MIR444 3e-41 -32.65 (((((((((((((.((.((((((.((.((((((.(((.(((((......................))))).))).)))))).)).))...)))).)))))...))))).))))) (-32.65)