mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGTGGGAAATGCTAGAATG TTCTAGCATTTCCCACATGCT GTACTCCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGCATTTCCCACATGCTAGAATGACTTACATCATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACCTGTAAAACGGAGGAAGTATCTCT CAGCACGGTTAACATGGAGCACATAAGAAAGCACTACTATGGAACCATCCGTCCATAAATCCCTACGGGATCATCCCTGCAGGCCCTAACATCGATTACAACACTCCACACGACAGAGAGAGGTTTAGTGCCTAGGAGAAGATAAGTAGTACTCCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGCATTTCCCACATGCTAGAATGACTTACATCATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACCTGTAAAACGGAGGAAGTATCTCTTGTGGTACTTTCTGTATTGAGTCACTATGCTTCGTTGCTATGGTATCGAGGCTGTGGCTAATAATGCTTGGAGGGTTGGTTTGTGTTTTGGTTGTTGTATTGTAATACAGGGATTGGAAAAAAAAAAGTTACCGATAGAGAATAAGAAGTATCACTCGACCAACAGAGACAGCAAAGTTATGTGGTAATAAATAACAAAAGTTTTTGGTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-19 osa-MIR809d 3e-20 -55.1 (((((.(((((((((.(((......((((((((((((((((((((((......((((......))))..)))))))))))))))))))))).))).))))))))).))))).... (-55.1)